Отказы в регистрации получили, прежде всего, кандидаты, идущие в командах. Так, в муниципальном образовании «Юнтолово» (Приморский район) было отказано в регистрации команде кандидатов, состоящей из представителей партии «Яблоко» и движения «Сохраним Юнтолово». По словам члена федерального Бюро «Яблока» Ольги Цепиловой, которой также отказано в регистрации в МО «Юнтолово», никого из кандидатов не приглашали ни на заседание рабочей группы, проверявшей подписи, ни на заседание избирательной комиссии, на котором принималось решение об отказе в регистрации, а в выданных протоколах проверки подписей написано: «Существует вероятность, что подписи проставлены одним лицом». «В документах проверки даны только вероятностные оценки, а все сомнения, по закону, должны трактоваться в пользу кандидатов, — говорит Ольга Цепилова. — Мы намерены обратиться в суд и, несмотря на отказ в регистрации, начинаем агитацию». В МО «Юнтолово» в регистрации было отказано всем самовыдвиженцам.

В МО «Гагаринское» (Московский район), где выдвигаются кандидаты от Координационного совета инициативных групп Московского района, в том числе члены партии «Яблоко», как и в «Юнтолово», подписи признаны недостоверными — якобы они проставлены третьими лицами. По словам руководителя Координационного совета, члена Регионального совета Петербургского «Яблока» Андрея Скоркина, сейчас они готовят обращение в суд и также намерены продолжить агитацию.

В МО «Гражданка» (Калининский район), где главой муниципалитета является заместитель председателя Петербургского «Яблока» Ольга Штанникова, в регистрации было отказано шести кандидатам. Подписи Михаила Амосова, Сергея Глезерова, Ольги Штанниковой и Ларисы Украинской были признаны недействительными, так как часть подписей была собрана самой Ольгой Штанниковой. По мнению избирательной комиссии, будучи главой муниципального образования, Ольга Штанникова является также органом местного самоуправления, поэтому не может участвовать в избирательной кампании и собирать подписи. В Петербурге в порядке самовыдвижения в выборах участвует еще 11 глав муниципальных образований — никто из них не был снят с предвыборной гонки. Кандидату Александру Горбановскому было отказано в регистрации, так как он якобы не оплатил из избирательного фонда изготовление трех дополнительных подписных листов. Стоимость этих листов, по мнению избиркома, составляет более 5% предельного размера избирательного фонда. Согласно городскому закону, предельный размер избирательного фонда на выборах депутатов местного самоуправления составляет 1 млн рублей. Кандидату в депутаты Николаю Рыбакову было отказано в регистрации, так как он якобы неправильно указал место работы — заместитель главы администрации МО «Гражданка». По словам члена Бюро Петербургского «Яблока» Николая Рыбакова, Городской суд Петербурга подтвердил существование такого места работы. «И хотя по этому делу продолжаются суды, никто решение горсуда не отменял и меня не увольнял», — подытожил Рыбаков. «Яблочники» намерены обжаловать решение избирательной комиссии МО «Гражданка» через суд.