Гасаев перебрался в Испанию после того, как в августе 2004 года был арестован в связи с июньскими событиями. Он утверждает, что тогда в течение трех дней подвергался пыткам, но был освобожден без предъявления обвинения.

Запрос о выдаче Гасаева Генеральная прокуратура РФ, обвиняющая его в совершении нескольких терактов в России, направила Испании в 2006 году. В том же году он был задержан, и Россия и Испания начали решать вопрос о его экстрадиции. В декабре 2008 года испанские власти выдали его РФ вопреки требованиям общественных организаций, в том числе «Amnesty International» и Международной федерации по правам человека, утверждающих, что в России Мурат Гасаев может быть подвергнут пыткам.

«Слава богу, Гасаев на свободе, но проблема в том, что он с самого начала не должен был оказаться за решеткой, - говорит Татьяна Локшина, заместитель директора московского офиса HRW. - Мы надеемся, что российские власти теперь позволят ему вернуться к нормальной жизни».

30 июня 2009 года старший следователь по делу вынес постановление о снятии с Гасаева всех обвинений, поскольку его алиби подтверждено пятью свидетелями. Как представляется, дело против Гасаева, включая запрос о его выдаче, строилось главным образом на показаниях другого задержанного - Идриса Матиева. Впоследствии тот отказался от показаний, заявив, что его били, пытали током и угрожали последствиями для семьи.

В связи с вопросом об экстрадиции Гасаева HRW в июне 2007 года обращалась в Национальную судебную коллегию Испании, а в мае 2008 года - к министру юстиции, указывая на прежние заявления о пытках и на сохраняющуюся в России для подозреваемых в терроризме опасность недозволенного обращения.